Imediatamente após o término do Conflito de Gryps — narrado em Mobile Suit Zeta Gundam — a facção rebelde AEUG sai vitoriosa contra os Titãs ao custo de pesadas perdas humanas e materiais, deixando seu principal piloto, Kamille Bidan, em estado catatônico. Aproveitando o vácuo de poder e o enfraquecimento tanto da Federação Terrestre quanto da AEUG, as forças remanescentes de Axis Zeon, agora autodeclaradas Neo Zeon e lideradas pela implacável regente Haman Karn, iniciam uma nova investida para conquistar as colônias e a Terra.A história passa a acompanhar o cotidiano no interior da degradada colônia espacial Shangri-La (Side 1), onde o jovem catador de sucata Judau Ashta trabalha duro ao lado de seus amigos para sustentar os estudos de sua irmã mais nova, Leina. A rotina do grupo muda drasticamente quando o encouraçado Argama, seriamente avariado e sob o comando do Capitão Bright Noa, atraca na colônia em busca de reparos de emergência.
