Zacarias, um jovem português de 17 anos, sonha em viver grandes aventuras. Por isso, ele se alista no Exército durante a Primeira Guerra Mundial. É enviado a Moçambique, na África, com a missão de defender a colônia portuguesa da invasão alemã. Zacarias, porém, contrai malária e é deixado para trás quando seu pelotão segue rumo ao front de batalha. O rapaz não se dá por vencido e parte, sozinho, para alcançar o esquadrão. Ainda sofrendo os efeitos da enfermidade, ele passa a ter dificuldade em distinguir a realidade das alucinações que vem tendo. Em sua jornada, o garoto encontra —ou acredita encontrar— animais selvagens, desertores alemães e colonos perdidos. O roteiro de Mosquito é baseado na história real do avô do diretor, que foi um dos soldados mandados a Moçambique na guerra.
