Shoichi Tsugami, um jovem despreocupado e com amnésia, usa o poder do Agito para desvendar seu passado misterioso e combater seres conhecidos como Desconhecidos. Em resposta à ameaça dos Desconhecidos, a polícia utiliza sua arma mais recente, a armadura G3, usada principalmente por Makoto Hikawa. Mais mistérios se revelam com o aparecimento de Ryo Ashihara, que se transforma em um pré-Agito conhecido como Gills. Ele busca a verdade sobre o suicídio de seu pai. Esses e outros mistérios se entrelaçam, pois a verdadeira natureza do Agito determinará o destino da humanidade.
