No século 22, jovens da ilha Tatsumiya vivem normalmente sem conhecer a verdadeira situação do resto do mundo e de seus habitantes, um mundo destruído em que sua população fora reduzida para menos de 2/3 de seu total. Festums, o nome dado aos inimigos, não são seres fáceis de se compreender, estão para além do humano. Através do fenômeno da assimilação, sua intenção é retornar toda existência ao estado primordial: o vácuo, o vazio, o nada, a não-existência. Esse foi o caminho que eles escolheram, mas a humanidade, assim como todo ser pode fazer, escolheu outro caminho: o estar aí (Anata wa soko ni imasuka?). Para se defender da força poderosa da Mir inimiga, os habitantes da ilha Tatsumiya desenvolveram sua própria Mir, em que crianças foram criadas para pilotar Fafners, robôs que somente elas, através dos elementos de Festums em seus genes, podem com eles se assimilar (tornar-se um) e pilotá-los.
