É a primeira década do Século XXI Na Terra, o aumento desorganizado da população da Terra, vem levando aos humanos condições de vida cada vez mais deterioradas, além do aumento de estranhos acontecimentos paranormais e invasões alienígenas. Longe dali, a 3 milhões de anos-luz, mais precisamente em M-78, o serviço de informações da Força de Defesa do Espaço observa essas transformações e ordena ao Serviço de Segurança do Espaço, uma ramificação do grupo, uma missão à Terra, capitaneada por Ultra Seven 21. O general da tropa, embora ciente da situação incomum na área, acha inadequado tirar o veterano Seven 21 de seu posto e pede apoio ao Comando dos Bravos Soldados da Unidade de Guerra Ultra, que seleciona o jovem guerreiro da tropa de elite, Ultraman Neos, ficando Seven 21 de prontidão para dar apoio a Neos, quando necessário.
