Após um ataque terrorista com um vírus letal, chamado de Bloody X, ter matado a população de uma pequena cidade da Rússia, a 3ª Unidade Especial de Segurança Pública, conhecida como THIRD-I, acredita que essa organização terrorista planeja um ataque usando o mesmo vírus em Tóquio. Assim, a THIRD-I, recorre a Takagi Fujimaru, um estudante colegial que tem grandes habilidades com computador e se tornou um hacker lendário conhecido como “Falcon”, para combater os terroristas. No entanto, à medida que Fujimaru, começa a se envolver, ele logo se dá conta que está metido até o pescoço e que a influência da organização terrorista não atinge somente a sua escola, mas até mesmo a polícia. Fujimaru, agora deve confiar em suas habilidades como hacker para desvendar a trama sinistra da organização e descobrir o que há de verdade por trás do “Bloody Monday”.
