A base da história de Texhnolyze é a cidade Lux, uma cidade criada pelo homem no subsolo da Terra com o próposito de coletar o mineral Lafia, componente importante para o processo de "texhnolyze", a implementação de próteses bio-mecânicas em pessoas de membros amputados. Nessa cidade três organizações lutam pelo controle geral. A Organ, empresa responsável pela exploração de Lafia e implementação das próteses; Racan, uma organização de jovens texhnolyzados com ideais anarquistas; e por ultimo a Union, grupo fanático-religioso que é contra os implantes. Há também a Class, grupo de anciões que foram os primeiros a tentarem viver por si mesmos longe da area civilizada de Lux, e se mantêm afastados da cidade e de seus conflitos, mas Organ recebe ordens diretas deles.